משרד התחבורה מופקד על כל תחומי התחבורה בישראל, בים, ביבשה ובאוויר. המשרד קובע מדיניות, מתקצב ומפקח על שורה של גופים וחברות ממשלתיות. להלן יפורטו קישורים לאתרי הגופים השונים